当前，无论是集镇生活处理厂还是工业园区处理厂，各地在运行管理中存在的问题较多。

　　一是运行经费不到位，导致集镇生活污厂运行不正常。一些县级城市为了各类创建的需要，建设了数量较多的集镇生活污厂，形成了一个集镇一个污厂的模式。由于地方政府财力有限，建成后的集镇污水处理厂往往运行率较低，“晒太阳”工程较多。由于集镇生活污水处理厂是政府工程，即使运行不正常，当地环保部门也很难有效监管。

　　二是运行模式不科学，导致污水随意接纳集中排放。一些地方工业园区的污水处理厂实行了市场化运作。市场化运作有时会导致运营商以赢利为目的，想方设法地以经济利益为取向。有的地方不管污水处理厂的治理工艺能否处理，随意接纳各类工艺不能处理的废水和超过纳管标准的废水，以收取企业高额的处理费用。有的运营商为了经济利益，利用一切机会偷排、直排，把公益事业变成谋利机器。有的即使被发现超标排放，总以污水处理工艺有缺陷或企业不遵守纳管标准、环保部门监管不力等理由推卸责任，导致工作困难重重。

　　三是相关措施不配套，导致地方保护的事实。工业园区污水处理厂正常运行是工业园区企业正常生产的保证。如果污水处理厂因环境违法受到环保部门停产整顿等处理，会直接导致园区企业生产瘫痪。因此，污水处理厂关系园区的经济命脉，当地政府即使知道污水处理厂有环境违法行为，但在各类检查中不得不对其予以地方保护。
 

根据常见污水处理方法分类

　　物理法：物理或机械的分离过程。过滤,沉淀,离心分离,上浮等

　　化学法：加入化学物质与污水中有害物质发生化学反应的转化过程。中和,氧化,还原,分解,混凝,化学沉淀等

　　物理化学法：物理化学的分离过程。气提,吹脱,吸附,萃取,离子交换,电解电渗析,反渗透等

　　生物法：微生物在污水中对有机物进行氧化,分解的新陈代谢过程。活性污泥,生物滤池,生物转盘,氧化塘,厌气消化等